Das Altonaer Museum beschäftigt sich mit der Kunst- und Kulturgeschichte Norddeutschlands im europäischen Kontext vom 17. Jahrhundert bis zur Gegenwart. Dabei wird Altona als alternatives Lebens-, Glaubens- und Toleranzmodell verstanden. Wesentliche Schwerpunkte bilden außerdem die Alltagskultur und die Mediengeschichte.